Vom Generator angeforderte Quellcodes enthalten i.d.R. eingebettete VIO.Matrix Befehle. Diese Befehle werden vom Scriptengine-Modul interpretiert. Erzeugt der Befehl eine Ausgabe (bspw. der Name eines Ordners: #INSERT_OR_NAME), wird die betreffende Ausgabe von der Scriptengine an den Generator übergeben, welcher diese Ausgabe an Stelle des Befehls in den Quellcode einbaut. Die Scriptengine kann dazu auch externe Prozesse starten, Datenbanken einbinden und weitere CIS-Module nutzen.